Bilindiği üzere "İnancımızın ve Kimliğimizin Aşağılandığı, Resmi İdeolojinin Dayatıldığı Törenlere Tavır Alalım!" başlıklı çağrı metninden dolayı Özgür-Der hakkında İstanbul Valiliği'nin talebi üzerine kapatma davası açılmıştı. Resmi bayram ve törenleri boykot çağrısı adı altında hazırlanan metinde; "İnancımızla çelişen, kimliğimizle çatışan törenlere, kutlamalara, anmalara katılmayalım, çocuklarımızı göndermeyelim! İslâmî kimliğimizin yok sayıldığı, değerlerimizin, sembollerimizin aşağılandığı, resmi ideolojik saçmalıkların dayatıldığı etkinlikleri boykot edelim!" ifadelerine yer verilmişti.

Söz konusu açıklamanın ardından İstanbul Valiliği'ne bağlı özel ekiplerce Özgür-Der Genel Merkezi ve imza veren tüm kurumlar en ince detayına kadar teftiş edilmiş, İstanbul Valiliği tarafından "vatandaşı ayrımcılığa, kutuplaşmaya ve bölücülüğe sevk etmek" iddiasıyla Özgür-Der hakkında kapatma davası açılmıştı. İlk duruşması 29 Nisan 2009 tarihinde görülen davanın bugün ikinci duruşması yapıldı.